Girolamo Fabrizi ha lasciato molti trattati pubblicati dal 1600 in poi, tra cui il “De visione voce auditu”, “De locutione et eius instrumentis”.
Frontespizio del De visione voce auditu – 1600
Per le opere “De formato foetu” e “De formatione ovi et pulli” è considerato il padre dell’embriologia moderna.
Tavola anatomica dipinta per il De formato foetu
A proposito delle pubblicazioni di Girolamo Fabrizi restano molti trattati pubblicati dal 1600 in poi, tra cui le Opere Chirurgiche che sono state ristampate e utilizzate nell’insegnamento per oltre due secoli. 
Frontespizio di una delle innumerevoli edizioni de Le opere chirurgiche
L’approccio di Girolamo Fabrizi all’anatomia, privilegiando il funzionamento delle parti del corpo è orientato alla tradizione aristotelica: egli, nonostante i notevoli studi anatomici, tra cui la descrizione delle valvole delle vene, è intento a conciliare le sue scoperte con la teoria tradizionale tanto da ignorare le osservazioni di Harvey, il suo studente più famoso.
Soprattutto dopo il 1600 l’Acquapendente raggiunge una notevole fama come medico e si rivolgono a Lui molti personaggi illustri. È una sua paziente: Margherita Farnese a causa della scabrosa situazione creatasi dopo le nozze con Vincenzo Gonzaga. Fra Paolo Sarpi dopo l’attentato subito a Venezia ricorse alle sue cure e per la guarigione del famoso teologo Girolamo Fabrizi riceve dalla Repubblica di Venezia il prestigioso titolo di Cavaliere di San Marco. Nel 1608 cura anche Galileo Galilei, suo amico e collega, che insegnava Matematica nella stessa Università.
Nei ricordi autobiografici, Galileo raccomanda le pillole di Aloe dell’Acquapendente, di cui riporta la ricetta a base di Aloe sucutrino lavate in sugo di rose.
Fra Paolo Sarpi
Galileo Galilei
Riceve poi onori e riconoscimenti curando altri pazienti illustri come, nel 1604, il cardinale Carlo de’ Medici, figlio del Granduca Ferdinando I e Cristina di Lorena e nel 1615 Sigismondo III Vasa, re di Polonia.
Sigismondo III Vasa, re di Polonia